Débutée en 1310, la construction de la majeure partie de l'ensemble conventuel des Augustins se termina en 1396 avec l'achèvement du cloître. Ravagé par un incendie en 1463, il ne fut restauré entièrement qu'en 1504. Très prospère et influent jusqu'au XVe siècle, il déclina ensuite jusqu'à son démantèlement au lendemain de la Révolution. Devenu bien national, on lui attribua la destination de Muséum provisoire du Midi de la République puis, plus tard, d'École des beaux-arts. Le musée, qui ouvrit ses portes au public en 1795, peut être qualifié aujourd'hui de musée des Beaux-Arts.
L'église et le couvent des Augustins abritent l'une des plus riches collections lapidaires romanes du monde, œuvres en parfaite harmonie avec les bâtiments eux-mêmes. Le musée est organisé de façon à utiliser les coursives du cloître, ainsi que l'église, comme des couloirs guidant le visiteur d'une salle à l'autre. On peut y admirer les vestiges émouvants, rescapés de destructions partielles ou totales qui eurent lieu à Toulouse à la fin du XVIIIe siècle et au début du XIXe siècle, des églises romanes (XIIe siècle) et gothiques (fin XIIIe-début XVIe siècle) les plus importantes de la ville. Outre ces œuvres médiévales, des sculptures datant du XVIe au XIXe siècle sont exposées, dans le couvent même. Les plus grands maîtres y sont représentés, tels Alexandre Falguière, Antonin Mercié et Auguste Rodin.
Le musée reçut à son ouverture un nombre considérable d'œuvres provenant de saisies révolutionnaires, ainsi que des fonds de l'Académie royale de peinture et de sculpture qui ont depuis été complétés par des ouvrages plus récents. Les écoles italienne, française et flamande y sont représentées au travers des peintures d'artistes tels que Jean-Baptiste Oudry, Jean-Pierre Rivalz, Toulouse-Lautrec, Ingres, Delacroix, Le Pérugin, Crespi ou encore Rubens ou Van Haarleem. Les dimensions généreuses des salles, longues et hautes, permettent l'exposition de toiles de très grande envergure.
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