Soumis à la mousson – système de vents régissant le climat de certaines régions tropicales et équatoriales – le climat maldivien compte deux grandes périodes : la mousson "sèche" d'hiver (iruvai) souffle du nord-est entre novembre et mars, mois les plus chauds ; la mousson "humide" d'été (hulhangu) s'étale entre mai et novembre et souffle du sud-ouest. Elle se caractérise par des vents assez violents, des orages et une pluviométrie élevée. Les périodes intermédiaires de mi-avril et de fin novembre offrent les eaux les plus claires et les conditions météorologiques les plus clémentes.
La température moyenne est de 28°C tout au long de l'année. L'humidité est nettement inférieure durant la mousson d'hiver.
Le climat maldivien a été touché par le phénomène connu sous le nom d'El Niño en 1998. L'élévation de la température de l'eau durant quelques semaines semble cependant avoir peu affecté à long terme les écosystèmes marins.