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Bonjour Shayala
Ton message date un peu, mais je vois que tu n'as pas eu de réponse, et il y a 2 mots qui m'interpellent : méduses + Bornéo = Kakaban, au Nord-Est de Bornéo mais en Indonésie, juste au Sud de Tawau.

Nous y sommes allés en juillet 2007 pour faire du snorkeling, voir des tortues, des méduses et des raies manta (mais nous n'avons pas vu de raies, il n'y avait pas de plancton). On ne loge pas à Kakaban, il faut se baser sur l'ile de Derawan.
Je recommande chaudement cette destination encore sauvage, pas facile d'accès : Prendre un visa (170 RM ringit malais soit 36€ +2 photos) à Tawau pour l'indonésie, puis un bateau pour Tarakan (1 par jour à 11h30 ça dure 4h30), puis un speedboat pour Tanjung Selor (le 1er de la journée à 7h00, le dernier à 17h00), puis un bus pour Tajung gredeb, puis négocier avec un propriétaire de hardboat pour aller directement sur Derawan (2 heures de tape cul)

A Derawan, nous étions au losmen Danakan (chambres sur piloti), le prix est à la personne et par jour, mais comprend 3 (excélents) repas. Ils organisent des tours en bateau pour faire du snorkeling autours de Sangalaki et Kakaban (c'est du niveau des iles Togian à Sulawesi) nous avons vu beaucoup de tortues et les fameuses méduses à Kakaban, qui ne piquent pas ! Il n'y a pas de saison particulière pour les voir. C'est simplement magique, mais ça se mérite !!

Pour revenir à ta question, je n'ai pas souvenir de méduses à Sandakan, uniquement des tortues. Mais nous n'avons pas forcément tout vu. Ma proposition ne répond pas forcément à ton attente si tu n'avais pas prévu d'aller en Indonésie, c'est simplement un bon plan à partager.
Bon voyage